提起訴訟時，必須有證據進行佐證，以利於訴訟當中獲得勝訴判決機率提升。因檢察官、法官無上帝視角，須由證據釐清事發經過、認定案件事實，始能予以公正之判決。
而妨害性自主案件因事發突然且通常發生地點隱密，往往造成證據取得困難，若未提出有力事證，最終難以讓加害人負刑罰責任，造成被害人二度傷害。妨害性自主之構成要件為加害人違反被害人之性自主權，以強暴、脅迫、恐嚇、催眠術或其他違反其意願之方法而為性行為。
因此，主要須證明有性侵害之發生，且主觀上係未經被害人同意，於性行為過程中在身體上遺留的體液、毛髮、皮屑、傷痕將成為最重要的證明，事發第一時間為最佳蒐證時機，為避免證據因時間流失，當下切勿直接淋浴清洗，建議盡快至醫療院所驗傷採證，並務必保留衣物、衛生紙、保險套等現場物品，採集有利證據，另可調閱周遭監視器畫面和保留雙方事前事後對話紀錄，雖無法直接證明性侵害之發生，若內容與被害人陳述一致，可作為有利之補強證據，增加司法機關採信之機會。
性侵害的定義是指未取得當事人同意、非兩情相悅的情況下，以強暴、威脅恐嚇、催眠術、藥物控制、權勢脅迫等方式造成對其性自主權之侵害，性侵害有兩種不同態樣，分別如下：
1. 性交行為
性交在刑法中的定義為非基於正當目的以性器進入他人之性器、肛門或口腔，或使之接合，除了陰莖進入陰道方式之外，肛交、口交包含在內。抑或以性器以外之其他身體部位或器物進入他人之性器、肛門，使之接合之行為，如：指交、口交，亦屬「性交行為」。
2. 猥褻行為、性騷擾
若係以親吻、擁抱或觸摸其臀部、胸部或其他身體隱私處，則會視為「猥褻行為」或「性騷擾」。兩者的區別又在於，前者是指為滿足性慾，使一般人產生羞恥或厭惡之行為，且已達違反他人之性自主權，後者則是短暫觸碰，乘人不及抗拒為之。人與人間應保持相互尊重之距離，當碰觸行為係未經他人同意，且造成他人主觀上不舒服之感受，任何與性相關之行為皆屬性犯罪。
被性侵怎麼辦？怎麼提告？
1. 直接報警、撥打113保護專線、性侵害防治中心
應尋找時機撥打110報警求救，或立即尋求周圍人員（如飯店櫃台、鄰居等）協助，設法抵達安全區域並保持現場，以利警方採證與蒐集線索，盡量不淋浴沖洗、如廁、更衣等，保留證據。
同時可撥打113保護專線、各縣市政府的性侵害防治中心，由社工人員陪同並協助評估個案狀況後續之照顧等處置，性侵害被害者創傷復原中心亦有提供心理輔導及諮商服務，協助被害者減輕心理壓力。
2. 到醫療院所驗傷與採證
性行為過程可能於身體上留下體液、毛髮、皮屑、傷痕等，應盡速至醫院急診檢傷，告知櫃台人員係因遭受性侵害而就醫，並請醫生開立驗傷證明書。 採取私密部位之檢體外，另依被害人之陳述採取各身體部位之檢體，如有肛交行為須採檢肛門，有口交行為須採檢口腔，驗傷證明書上會詳細載明採集檢體之狀況、身體上之痕跡及傷勢，若檢體中的DNA與加害人相符，則將成會重要證據。
3. 具體告知醫事人員及偵查機關所有細節及過程
報案和到醫院驗傷時，醫檢人員會詢問與加害人之間的關係，事情發生之經過，包含時間、地點、行為以及性侵之方式，是以手、性器或其他部位為之，且過程中有無毆打、綑綁，或以武器攻擊、餵食藥物，另是否使用保險套，遭性侵後是否有沖洗、更衣等情形，詳細案發內容皆會載明於驗傷單和筆錄中，以作為後續提告之證據。
4. 蒐集其他證據
性行為時所使用之保險套、衛生紙，當下臥躺之床單、穿著之衣物皆可能遺留體液可做檢驗，另被害人事後與親友陳述被侵害過程，或加害者事後承認的對話紀錄、精神診斷證明或諮商紀錄、事發地點之監視器畫面等，皆可作為訴訟中釐清案件之證據。
被性侵證據如何蒐集才有利？
遭遇性侵害當下定相當手足無措，除保障自身安全外，應避免結束後直接淋浴沖澡，盡速報警驗傷是最能採集直接證據之作法，但若經一段時間後才提告，身上的檢體早已流失，而性案件案發過程的隱密性及突發性是蒐證困難之主要原因，被害人較難及時反應悄悄錄音及錄影，更無目擊證人可協助說明，若僅剩被害人單一指述，未來將造成司法追訴之困難，因此須以補強證據佐證，另蒐集間接證據加以推論，作為有證據力之證據資料。
直接證據
直接證據係指「客觀上足以直接證明待證事實之證據，無須經推論得直接認定犯罪事實」，直接證據相較於間接證據證明力較大。
於妨害性自主案件中，通常被害人在受暴力壓制下會極力反抗，因此身上會留有傷痕，另加害人在行為中遺留之體液、皮屑亦可能殘留在被害人身上，即使因酒醉或遭下藥無能力反抗，體內應會殘餘酒精或藥品，經事後驗傷採集檢體、現場之物品則成直接關鍵性證據。
進而，若被告在訴訟程序中的自白，即親口承認犯罪事實之口供，得直接證明有性侵害的發生和特定行為人身分。
間接證據
間接證據係指「僅能證明他項事實，而他項事實必須經過推理，使待證事實得間接之證明」，間接證據須有可資推論的依據，或依一般生活經驗可推論之，不得僅依主觀臆測。
性案件多發生於生活中熟識朋友間或網路交友間，事發前的聊天至事發後質問加害人行為，可間接證明被害人無發生性行為之意願；亦或監視器畫面拍攝被害人遭加害人攙扶進入汽車旅館，雖無法直接證明兩人有發生性行為，但能推測前往汽車旅館大多係為發生親密關係，且攙扶之狀態間接證明被害人無法對其性自主權作出意思表示。
總結
妨害性自主案發當時原則上僅會有被害人與行為人，若當下無錄音、錄影性行為過程，實務上事後欲蒐證實屬不易，尤其被害人若因害怕或有其他考量無立即提告，導致證據流失，僅剩被害人指述容易落入「完美被害人」迷思，即認為被害人應有固定反應，如當下應立即報警、或應及時向他人表達不適，反而造成被害人遭受檢討，惟因每位被害人之成長背景、性經驗、反應能力不同，不應設立被害人應有之反應模板，更不應成為加害人能以此脫罪之理由。
性侵案件對被害人無疑是巨大傷害，長期的訴訟程序，訴訟仰賴證據和策略，兩者相輔相成，而專業律師可協助指導蒐證及策略擬定，避免因僅有空泛之陳述而缺乏證明力，且訴訟中須不斷陳述事發過程，一次次回憶當下場景對被害人而言宛如不斷揭開傷疤撒鹽。律師不但能提供專業法律協助，亦得陪同司法程序，降低陳述案發狀況之次數，同時予以安全感及減少開庭時之恐慌。
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